韭菜的病害主要有灰霉病、疫病、锈病、黄叶和干尖等，虫害主要是韭蛆，种植户应当了解这些病虫的特征，进行科学防治，尽量减少药残乙
一、疫病
发病后，根、茎、叶、花苔均可被害，以假茎和鳞茎受害最重。叶片及花苔染病，多始于中下部，初为暗绿色水浸状，长0.5～5厘米，有时扩展到叶片或花苔一半时，病部失水后缢缩，引起叶、苔发黄、下垂、腐烂，湿度大时，病部长出稀疏白霉。假茎受害时，呈水浸状浅褐色软腐，叶鞘易脱落，湿度大时，其上也长出白色稀疏霉层。鳞茎被害时，根盘部呈水浸状，浅褐至暗褐色腐烂，纵切鳞茎，内部组织变浅褐色，影响体内养分贮存，使生长受抑制，新生叶片纤弱。根部染病变褐腐烂。根毛明显减少，影响水分吸收，根部寿命大为缩短。
病害发生适温25～32℃，病原菌以卵孢子在病残体上越冬，第二年条件适宜时，产生孢子囊和游动孢子，侵染寄主后发病。在降雨、结露等湿度大时，病部长出孢子囊，借风雨传播蔓延，进行重复侵染。发病一般于每年7～8月上中旬，高温多雨时发病严重，延续到10月下旬。设施栽培时，棚内温度超过25℃，若放风不及时、湿度过大时，也易发病。
防治方法。选好田块，平整好苗床或养茬，韭菜分苗时，严格检查，不从病田取苗栽种，雨季到来前，疏通田间排涝系统。
进行轮作换茬。与非葱蒜类、茄科蔬菜轮作，避免连茬种植。
加强管理。控制浇水量及次数，土壤湿度大时，可松土降湿、通风降湿。发病地段撒草木灰降湿。
药剂防治。选用50%甲霜铜可湿性剂600倍液、58%甲霜灵.锰锌或64%杀毒矾可湿性粉剂400倍液、72.2%普力克水剂800～1000倍液、40%乙磷铝可湿性粉剂200～300倍液，间隔10天左右1次，连续防治2～3次。
二、灰霉病
1.特征。主要危害叶片。分为白点型、干尖型和湿腐型。白点型和干尖型初在叶片正面或背面生白色或浅灰褐色小斑点，由叶尖向下发展，病斑扩大后呈椭圆形或梭形，可互相汇合成斑块，致半叶或全叶枯焦。湿腐型发生在湿度大时，叶上不产生白点，枯叶表面密生灰至绿色绒毛状霉，伴有霉味。干尖型由割茬刀口处向下腐烂，初呈水浸状，后变淡绿色，有褐色轮纹，病斑扩散后多呈半圆形或“V”字形，并可向下延伸2～3厘米，表面生灰褐或灰绿色绒毛状霉。韭菜在贮运中，病叶会出现湿腐型症状，完全湿软腐烂，表面产生灰霉。
该病菌生长温度15～21℃。温度升高产出菌核，27℃时产生最多，并以菌核越夏。秋末冬初韭菜扣棚后始见发病，因棚内生态条件适合发病，只要有菌源，病情就会不断加重。此病菌还会侵染葱蒜类蔬菜。
2.防治方法。
清洁田园。收割后，及时清除病残体，带出田外深埋或烧毁，防止病菌蔓延。
棚内适时通风降湿是防治灰霉病关键。通风量根据韭菜长势确定，注意要肩部通风，千万不要通底风。
培育壮苗注意养茬。多施有机肥，及时追肥浇水、除草养茬，增强植株抗病能力。
棚内发病初期采用烟雾法或粉尘法。烟雾法用10%速克灵烟剂，每亩每次250克熏烟，粉尘法用10%灭克粉尘剂，每亩每次1公斤，在傍晚时进行为宜，每隔10天1次，连续或与其它防治法交替使用2～3次。
药剂防治。防重于治，每次收后培土前及发病初期，用50%多菌灵或70%甲基托布津可湿性粉剂500倍液喷淋，必要时选用50%速克灵或50%扑海因或50%农利灵可湿性粉剂1000～1500倍液，每隔7～10天喷1次，连续防治2～3次。
